Contigu à l’église abbatiale; le cloître du XVI e siècle qui succéda au cloître roman complétement disparu, est unique par ses dimensions (56 m. sur les côtés E et O; 59 m. sur les côtés N et S, 4,30 m. de largeur, 4,84 m de hauteur sous la clef). Il fut réalisé en deux temps.
L’Abbesse Renée de Bourbon fit bâtir l’aile sud en 1519 juste après la construction du rèfectoire contre lequel elle s’appuie. Elle eut recours à des maçons locaux venus de Doué-la-Fontaine et de Beaufort-en-Vallée. Cette galerie à l’intérieur encore gothique avec ses voûtes d’ogives surprend par son extérieur aux arcades en plein cintre moulurées avec délicatesse surmontées par un bandeau de pierres nues délimité par deux corniches. Entre les travées, alternent avec de lourds contreforts, des pilastres ornés de roses, dans la goût de la première Renaissance italienne.
L’aile Ouest ( avant 1597) , détériorée à cause de la déclivité du sol , dut être entièrement reconstruite au XIX siècle. Seul a subsisté de l’état antérieur des lieux , un culot représentant une salamandre.
L’aile Est ( 1548-1551) ouvre sur la salle capitulaire par une importante porte centrale au-dessus de laquelle figurait un blason aux armes des Abbesses Louise de Bourbon de Lavedan (30 éme) et de Françoise de Rochechouart (33 éme). Cette aile donne également sur le chauffoir et l’escalier droit sans retour (1542) communiquant avec les dortoirs.
L’aile Nord ( vers 1560) est la seule aile recouverte d’un toît en appentis tandis que les trois autres supportent une galerie couverte.
Ainsi l’intérieur de l’ensemble du cloître offre un aspect assez unifié mais, en revanche, l’extérieur est contrasté. Le côté Sud a conservé les contreforts entre les arcades tandis que les trois autres possédent des colonnes jumelées deux par deux et abritées par un châpiteau de style ionique.
Dans l’angle Nord-est du cloître, sont situées les chambres du Mont-Sain-Michel.